科研处，Department of Science & Technology Development ，由战略规划办、项目资源办、科研管理办、大设施推进部、国际合作与外联办、图书馆与期刊办、采购办、网络信息管理中心组成。内设院学术委员会、科研道德建设委员会、大项目管理委员会、《集成技术》期刊编辑部。

      科研处负责全院科研发展规划研究、科研项目策划与争取、科研活动实施与监督、科研成果管理、国际合作、信息化管理及服务、学术交流管理、图书馆建设及学术期刊编撰；办公设备及用品等的采购与管理。负责根据国家、中科院和地方政府有关政策制定和完善我院相关制度。完成领导交办的其他任务。

      经过十三年发展，中国科学院深圳先进技术研究院目前已初步构建了以科研为主的集科研、教育、产业、资本为一体的微型协同创新生态系统，由九个研究平台（中国科学院香港中文大学深圳先进集成技术研究所、生物医学与健康工程研究所、先进计算与数字工程研究所、生物医药与技术研究所、广州中国科学院先进技术研究所、脑认知与脑疾病研究所、合成生物学研究所、先进材料科学与工程研究所、碳中和技术研究所（筹）），国科大深圳先进技术学院，多个特色产业育成基地（深圳龙华、平湖及上海嘉定）、多支产业发展基金、多个具有独立法人资质的新型专业科研机构（深圳创新设计研究院、深圳北斗应用技术研究院、中科创客学院、济宁中科先进技术研究院、天津中科先进技术研究院、珠海中科先进技术研究院、苏州先进技术研究院、杭州先进技术研究院、武汉中科先进技术研究院、山东中科先进技术研究院）等组成。2018年，深圳先进院获批牵头建设深圳市两大重大科技基础设施：脑解析与脑模拟、合成生物研究，并于2019年在光明科学城破土动工；牵头建设的深圳先进电子材料国际创新研究院、深圳市合成生物学创新研究院、深港脑科学创新研究院三大基础研究机构均已在2019年正式揭牌成立。